清嘉庆十二年（1807年），清仁宗取得内府旧藏《唐文》一百六十册，认为该书“体例未协，选择不精”，于是命词臣加以重辑。《全唐文》正式辑纂始于嘉庆十三年（1808年），敕令开设“全唐文馆”，由文华殿大学士董诰领衔，由廷臣学者共107人入馆编校，以《唐文》为基础，取《四库全书》内的唐人别集，以及《文苑英华》、《唐文粹》、《唐大诏令集》、《古文苑》、《崇古文诀》、《文章辨体汇选》等总集，并搜罗《永乐大典》所载之残篇，“散见于史子杂家记载、志乘金石碑版者”。至嘉庆十九年（1814年）闰二月成书进呈钦定、御制序文后即交由内府、督理两淮盐政阿克当阿等负责刊刻，嘉庆二十四年（1819年）刊成，即扬州官本。光绪年间有广州重刻本。
作为《全唐文》底本的内府旧籍《唐文》原书今已不存，当时学者对其检视描述如下：
《唐文》收录唐、五代文一万数千篇，分十六函，每函十册。
《唐文》无序文、凡例，页首有“梅谷”钤印，当时不知编者，传说为海宁陈氏或玲珑山馆、传是楼之遗藏。
《唐文》尚未编辑完成，采纳文章大都来自常见明代版本之唐人文集。
《唐文》将诰制特别分为一类。
《唐文》将帝王批语附于本文之后。
《唐文》中唐太宗文章内有《晋书》赞文。
《唐文》收有《会真记》等传奇作品。
《唐文》将史书中唐人对话误以为该人之文章。
《唐文》误收隋代以前之文。
《唐文》中采自《文苑英华》之文章因据明刻本所辑，极多讹误脱漏之处。
清仁宗所批评“体例未协，选择不精”主要指后六项，于是《全唐文》编辑时修改了体例，也不收录小说作品。体例上遵循《全唐诗》，次序分别为：“首诸帝，次后妃，次宗室诸王，次公主；五代亦依此序次，十国主附五代后；次臣工，次释道，次闺秀。至宦官四裔，各文无可类从，附编卷末。”
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